オプション価格機能を利用せずにセット商品を作っている場合、セット内容ごとの消費税設定はできません。
通常はまとめて「標準税率」として扱いますが、一部条件下において「軽減税率の一体資産」として扱うことができます。

■政府広報オンライン：消費税の軽減税率制度　どんなものが一体資産にあたるの？
https://www.gov-online.go.jp/tokusyu/keigen_zeiritsu/taisyohinmoku/ittai.html

軽減税率の一体資産として扱う場合、当該商品の「税率設定」を「軽減税率」に変更する必要があります。
詳しい設定変更方法は、以下の虎の巻をご参照ください。

■虎の巻：軽減税率対象商品を扱っていますが、どのような設定変更がいりますか？
http://qa.future-shop.jp/faq/show/5755

オプション価格を利用している場合、本体となる商品の税率設定と、オプション価格の税率設定を分けて登録することができます。
なお本体となる商品（商品基本情報編集画面）の税率設定、オプション価格の税率設定ともに、初期値は「標準税率」です。

税率設定を一括変更する方法

1．CSV出力内容を変更する

運用メニュー＞商品管理＞商品データ一括登録項目設定＞オプション価格（基本）　にて、「税率設定」にチェックを入れて登録します。

2．商品データを変更する

運用メニュー＞商品管理＞商品データ一括取得　にて、オプション価格（基本）登録用ファイルをダウンロードします。

データシート上には軽減税率対象項目だけ残るようにし、標準税率対象項目は行ごと削除します。

軽減税率対象項目の全行において、
税率設定：1　（0＝標準税率、1＝軽減税率）

を入力して保存し、運用メニュー＞商品管理＞商品データ一括登録　からアップロードしてください。

税率設定を管理画面から変更する方法

標準税率対象項目が少ない場合など、管理画面から変更する際は、
運用メニュー＞商品管理＞商品検索　にて対象商品を検索し、検索結果の商品名をクリックします。
オプション価格タブから軽減税率対象項目の設定画面に入り、「税率設定」欄を「軽減税率」に変更してください。

＜例＞

１）「スイーツセット」商品に、オプション価格＋1500円で「カーネーション付メッセージカード」をセットにしている。

こちらの場合、本体商品が軽減税率、オプション価格が標準税率です。
上記虎の巻を参考に、本体商品の税率設定を「軽減税率」に変更します。

２）「クラフトビールセット」商品に、オプション価格＋1000円で「チョコレート」をセットにしている。

こちらの場合、ビールは飲食物ですが標準税率であり、オプション価格が軽減税率です。
上記手順の通り、オプション価格のみ税率設定を「軽減税率」に変更します。